Três Lagoas conta com apenas com 45% de rede coletora de esgoto implantada. Muitos domicílios ainda utilizam fossa séptica. Segundo dados do último Censo do IBGE, Três Lagoas contava com 8.690 fossas sépticas. Em 2010, o município tinha 25,5% de rede coletora de esgoto, ou pluvial, implantada. Segundo o gerente regional da Sanesul, Gilmar Tabone, esse percentual passou para 45% atualmente.
A meta é atingir 95% de rede coletora de esgoto nos próximos anos em Três Lagoas com os últimos investimentos anunciados no ano passado. Atualmente, de acordo com o gerente, o município conta com 43 mil ligações de água, e 19 mil de esgoto. Além de investir na implantação de novas redes de esgoto, Tabone disse que a Sanesul vai investir na ampliação das Estações de Tratamento e Esgoto (ETE). A intenção é que o efluente, já tratado na ETE do Jardim Planalto, que tem com destino o Córrego da Onça, seja lançado direto no rio Paraná.
O percentual de rede coletora de esgoto, já implantada poderia ser maior, se não fosse à paralisação das obras que estavam sendo executadas pela Serra Engenharia, que abandonou os serviços.